Con disposizione testamentaria del 16 novembre 1995, Margherita Zoebeli istituiva una Fondazione, che ora porta il suo nome,  riconosciuta giuridicamente con Decreto Presidenza della Regione Emilia-Romagna n° 272 del 29 luglio 1997.

La Fondazione agisce nel solco dei valori perseguiti da Margherita Zoebeli (Zurigo, 7 giugno 1912 – Rimini, 25 febbraio 1996), protagonista nell’immediato secondo dopoguerra del solidarismo attivo e della scena pedagogica italiana ed europea. Insignita nel 1995 del prestigioso Premio Brandenberger, per la sua “dedizione disinteressata negli aiuti postbellici e la promozione di metodi educativi moderni”, aveva già ottenuto riconoscimenti di alto valore: cittadinanza onoraria del Comune di Rimini (1963), laurea ad honorem in Pedagogia dell’Università di Bologna (1989), assieme a Mario Lodi e Paulo Freire; medaglia d’oro del Presidente della Repubblica per l’opera educativa (1993). La sua azione pedagogica è stata principalmente condotta nel Centro Educativo Italo-Svizzero (CEIS), il Villaggio da lei fondato a Rimini nel 1946, su incarico del Soccorso Operaio Svizzero e del Dono Svizzero per le vittime della guerra.

In 30 anni la Fondazione ha strutturato la sua attività in tre ambiti principali:
– la ricerca scientifica in campo pedagogico,
– la formazione di insegnanti, educatori, progettisti di spazi educativi,
– la ricerca storica collegata alla valorizzazione della figura di Margherita Zoebeli, del suo pensiero pedagogico e del Centro Educativo Italo-Svizzero (CEIS), da lei fondato a Rimini nel 1946.